Se supone que el script lo vas a usar para conseguir trnasparencia en IE6 en algún elemento (un fondo, una imgen,). De alguna manera hay que decirle que aplique ese script a ese elemento concreto.
Con esta parte:
<!--[if IE 6]>
<script src="DD_belatedPNG.js"></script>
<![endif]-->
cargas el script puramente, y con esta otra:
<script>
DD_belatedPNG.fix('.png_bg');
</script>
le dices que aplique esa función del script sólo a cualquier elemento que lleve la clase png_bg
('.png_bg')
Ahora, si a un div al que has puesto un fondo con un PNG medienta css, quieres que le afecte el script y también se transparente en IE6, simplemente añádele esa clase:
<div class="png_bg">una caja...</div>
En realidad eso es sólo un ejemplo. Puedes pasar como parámetro de la función cualquier otro elemento o grupo de elementos:
DD_belatedPNG.fix('div#uno'); (por ejemplo)