Hola,
Top, Left, etc., no son attributos del elemento div.
Son propiedades del attributo style del elemento div.
Código:
newdiv.setAttribute("top","55em");
newdiv.setAttribute("left","0em");
Código:
newdiv.setAttribute("id", "caja2");
newdiv.setAttribute("style", "width: 50em; height: 18em; background-color: #edf4f2;");
Otra forma accesando el attributo style y sus propiedades:
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/dom/
Saludos,