Depende :). Si no tienes que realizar muchas modificaciones sobre lo que te genera el IDE automático, pues puede servirte con eso. El problema como tu dices es que como tengas que meterle mano en serio, el codigo auto-generado, en Java o en cualquier lenguaje, suele ser bastante confuso.
Por eso si tienes tiempo, la recomendacion general es que aprendas primero a hacer las cosas "a mano", no solo por que asi se pueden hacer muchas cosas y pueden quedar mucho mejor, si no que si luego decides usar un IDE para que te genere parte del trabajo, te sera más facil entender lo que hay por debajo y que hace el codigo que te escribe.
Si quieres ver un ejemplo de interfaz hecha a mano con código:
.- Un applet que consulta una tabla de una BDD aquí:
http://www.greeneyed.org/test/applet/ y su código fuente está aquí:
http://fisheye5.cenqua.com/browse/we...af/test/applet
S!