Debes indicarle de algún modo a tu script si lo que deseas es actualizar o insertar. Puedes hacerlo por la URL o mediante un campo oculto en tu formulario. Es importante diferenciar ya que en un caso requieres que ya exista el registro (actualizar) y en el otro todo lo contrario (insertar).
Tal vez podría serte útil la sentencia
REPLACE de mysql 