En realidad es un bug que se produce por el alert. Fijate que de esta manera no pasa:
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>Documento sin título</title>
<script>
onload=function(){
var oAncla = document.getElementById("ancla");
var cont=0;
oAncla.addEventListener('mouseover', function(){cont++;document.getElementById('log').innerHTML=cont;}, false);
}
</script>
</head>
<body>
<a id="ancla" href="#">dddddd</a>
<div id="log"></div>
</body>
</html>