No fue muy claro...
Si estas maquetando tu web con css y DIV(capas), solo tienes que especificar la posición del logo y la dimes ion... digamos:
<head>
<style>
#Logo{
background:url(aqui el path de tu archivo imagen o logo...) #fff;
position:absolute;
z-index:3;
left: 10%;/*Aliniación izqO en pixeles 10px*/
top:5%;
width:100px;
heght:60px;
}
</style>
</head>
<body>
<div id="logo></div>
</body>