Para lanzar un ejecutable desde windows con java, yo utilicé:
public class test {
public static void main(String[] args){
Runtime aplicacion = Runtime.getRuntime();
try{aplicacion.exec("C:/Windows/System32/NOTEPAD.EXE"); }
catch(Exception e){}
}
}
Prueba a ver si en lugar del notepad (

que es de windows), puedes lanzar comandos de la shell de unix... lo que no se es si debes de invocar a la shell como en windows ( cmd /C dir *.*).
Salu2
postdata: date una vuelta por el foro de java ...