Problema con charsets de Mysql

[srsombrero]

Hola amigos, bueno paso a comentar mi problema.
Tengo Apache Mysql y PHP configurados.
Por un lado Apache soporta el juego de caracteres utf-8; ISO-8859-1
PHP tambien.

Si bien mi web se ve perfecta es decir, todos los datos que saco de la base de datos se ven perfectamente, con acentos eñes y demás.

El problema es que en la base original los acentos se ven raros como siempre cuando algo esta mal en la codificación.

Si bien cuando inserto en la base por medio de un formulario, o cuando extraigo la consulta los caracteres se insertan y se extraen bien de la base, al estar la base original con caracteres raros cuando busco trae solamente la palabra encontrada pero sin acentos...como es obvio ya que solo encontrara en la base las palabras que no tienen caracteres raros.

Ahora bien, mi pregunta es la siguiente.

Al tener PHP y Apache con esas codificaciones...
Si convierto el juego de caracteres de la base de datos la tabla y sus campos al correspondiente juego, para que se vean bien los caracteres dentro de la base.

¿Eso afectaria a la extraccion y la insercion de los campos una vez que los acentos y las eñes se inserten como acentos y eñes y no caracteres especiales en la base de datos?

Es decir que se vean bien los caracteres especiales y acentos dentro de la base sin afectar al codigo php para insertar o extraer datos y que se sigan viendo bien en el html.

Gracias!!!

Saludos y suerte