Problemas restaurando backup bd en cPanel

[lure]

Hola.
La "comparativa" que hice entre ambas bases de datos, son bases de datos de webs diferentes, la "grande" que es la que uso yo, es de mi site, y esa es normal que me pese unos 100 megas (pues tiene contenido). Cada semana hago la opcion de residuo a depurar pues no se porque, pero cada semana tengo casi 2 megas de residuo a depurar, y observo como, antes de depurar me ocupa 105 megas (por ejemplo) y luego son 103 megas.
La otra bd, la que ocupa unos 5 megas, es de un conocido mio que casualmente, le traslade su web de hosting en la fecha en que yo expuse esta cuestión, y como me "saltó" este problemilla y su web casi no tiene movimiento, aproveché para probar esta utilidad con su base de datos, esa es normal que pese 5 megas pues casi no tiene contenido.
Por ello es normal que entre ambas haya esa diferencia, son de sites distintos :)

Cuando restauro mi bd y se produce el error, me voy a phpmyadmin y observo la cantidad de tablas creadas y no es el numero total que contiene la bd.
Cuando baje el valor a 2.000 el numero de tablas creadas es inferior a cuando estaba el valor en 3.000.
Solamente me la restaura completamente (con todas sus tablas) cuando elevo el valor a 10.000 y de una sola tirada, hace la restauracion.

Todas las veces he intentado restaurar el backup teniendo la base de datos creada (pero sin ningun contenido) y el usuario de acceso creado ¿pruebo a hacerlo sin la base de datos creada ni el usuario de acceso?

Si abro la bd con un editor de texto para dejar solo los CREATE TABLE y los INSERT INTO TABLE....uff....es inmenso el archivo como para poder editar cualquier cosa dentro de el, me pierdo en un archivo tan grande.

Probare a generar el backup desde phpmyadmin, pero mi problema reside en la configuracion, cuando vamos a exportar son varios los campos a marcar o desmarcar y no sabria como configurarlo correctamente.

Muchas gracias y un saludo!!