Sobre Ioncube:
http://wiki.whmcs.com/Installing_WHM...alling_Ioncube
Primero mira si el servidor donde estés ya lo tiene instalado, si es así no tienes que hacer nada más. Sino tendrás que seguir esas instrucciones para instalarlo localmente en tu cuenta, o puedes pedir a tu proveedor de hosting que lo instale a nivel de servidor, hoy día no es raro tenerlo instalado por defecto a nivel de servidor para que todos los clientes lo tengan disponible.
Sobre la carpeta status, debes subirla a todos los servidores que tengas y configurar su ubicación en Configuration > Servers:
http://wiki.whmcs.com/Servers
No es algo imprescindible, nosotros por ejemplo no la usamos al tener nuestro propio sistema de monitorización aparte.