bueno , despues de pegarme mucho con ello vi que poniendo lo siguiente la cosa parece funcionar:
Código:
<embed src="MST3/videos/'.$doc.'.swf" quality=high pluginspage="http://www.macromedia.com/shockwave/download/index.cgi?P1_Prod_Version=ShockwaveFlash" type="application/x-shockwave-flash" width="500" height="290" wmode="transparent" scale="exactfit"></embed>
Pero funciona en firefox, chrome, safari e Ie 7, pero no en versiones anteriores de IE :(, donde ni se muestra el video.
saludos