Problema con cabezera

[rb3m]

Pues es que no le estás diciendo que le deje margen 0.

Si le pones así:

#contenedor {
margin: 0;
}

entonces lo pone a cero. Pero si no le especificas nada le va a poner el que el navegador traiga por defecto y cada navegador tiene el suyo. Si quieres poner todos los márgenes y rellenos a cero en todos los navegadores primero tienes que hacer algo así:

* {
margin: 0;
padding: 0;
}

y con eso puedes estar más tranquilo.