Claro que puedes lograrlo. Estuve viendo la web que dejastes en tu post y es posible crear una plantilla personalizada. Además existen muchas otras plantillas que puedes usar en Joomla y que son bastantes profesionales. Obviamente podrás encontrarlas gratis y de pago.
En este caso como se trata de una revista en línea, Joomla es muy acorde a lo que necesitas. Además existen componentes para Joomla que pueden ayudarte a montar tu revista digital de una forma más profesional.
Bueno, tu pregunta está respondida:
Cita: ¿es posible crear un template personalizado que vaya acorde con el diseño de la revista?
Sí es posible crear una plantilla personalizada desde cero. Incluso se puede tomar una plantilla ya creada y modificarse para llenar tus necesidades. Esto lo hago a menudo para aprovechar el factor tiempo, tomo una plantilla ya hecha y la modifica casi el 90% que no parece la original.