Pues en tu redirect de Javascript pon algo asi:
Código php:
Ver original<?php
include ('Cad_Conexion.php');
include ('Cad_Sel_Cenis.php');
$sql_nombre = "SELECT Nombre_Programa FROM Programa";
$res_nombre = mysql_query($sql_nombre) or
die("Error en la Consulta"); ?>
<td class="form_label">Seleccione el Programa en el que desea realizar su consulta:</td>
<td>
<select class="form_field" name="ciudad_proveedor" onchange="top.location.href='Consultar_Modulo.php?valor=' + this.value;">
<?
$sql_nombre = "SELECT Nombre_Programa FROM Programa";
$city = $reg["Nombre_Programa"];
echo "<option value='$city'>$city</option>";
}
?>
En consultar_Modulo.php (ojo tiene que ser .php), rescatas por $_GET['valor'].
Saludos.