Por lo que veo, esos datos que quieres enviar al popup los tienes en un formulario. En ese caso, puedes leer este artículo:
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/formenlaces/. Si no quieres que se vean en la URL, puedes usar en el formulario el método POST. Para la primera pregunta lo que puedes hacer es imprimir en un campo hidden el valor de la variable de sesión, así se envía con el formulario, pero dependiendo del caso no es necesario, ya que si la página que se abre en el popup es tuya puedes acceder a las variables de sesión directamente.