Menos archivos es mejor?

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Los últimos días he estado planeando un sistema para mi negocio.

Para ello he leido mucho acerca de POO y MVC, me he pasado casi todo el día de hoy leyendo el Blog de Enriqueplace y de pronto siento que mi vision se abre totalmente; y con ello obviamente vienen los cuestionamientos y las dudas.

Leir por ahí, que los programadores, tendemos a creer que a menor número de lineas, mas eficiente es nuestra aplicacion.... pero el problema es que muchas veces necesitamos muchas lineas para comentar y explicar lo que codificamos.

Mas o menos sobre esta tendencia (creo), yo soy (o era?) de la idea de que a menor cantidad de ficheros es mejor... pero ahora que me meto al mundo del MVC obsevro una tendencia a generar mas ficheros .php de los que estaba acostumbrado.

Que tan bueno o malo es esto?
Bajo la perspectiva que me he formado con la lectura concluyo esto:

Si antes yo usaba un archivo para clientes (clients.php), ahora deberia usar 3, uno para el modelo, otro para el controlador y otro para la vista... Es esta lógica correcta?

O ya de plano estoy perdido?