Ah, bueno, pero si el problema es ese la solución es bastante simple.
Te recomiendo hacer uso de los
comentarios condicionales.
Con ellos podés agregar código que solamente será interpretado por IE, así podés tener un sitio que funciona perfectamente con Firefox (y por lo general con cualquier otro) y "parchear" lo que sea necesario para el IE
Muevo tu tema hacia el foro de Web General, ya que no está relacionado con Joomla.
Si tenés algún fallo en el IE que no sabés cómo solucionar, simplemente preguntá.
Saludos.