El problema es la llamada a la función dentro del setTimeout:
Probá así:
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>Documento sin título</title>
<script>
function muestraCapa(nombreCapa) {
var capa = document.getElementById(nombreCapa);
capa.style.visibility = "visible";
aumentaAlturaCapa(capa,0);
}
function aumentaAlturaCapa(objCapa,alturaActual) {
var capa = objCapa;
var altura = alturaActual;
if (altura !=309) {
altura++;
capa.style.height = altura.toString()+"px";
setTimeout(function(){aumentaAlturaCapa(capa,altura);},50);
}
}
onload=function(){muestraCapa('pp')}
</script>
</head>
<body>
<div id="pp" style="background-color:red; visibility:hidden"></div>
</body>
</html>