mmm.... y donde te dijeron que el Javascript va antes del HTML ???
mira, es mas fácil si lo haces con puro PHP ... de veras!
Código PHP:
<?php
$mensaje = 'cargando';
if (isset($_FILES['file']))
{
move_uploaded_file(/* ... */);
$mensaje = 'OK';
}
?>
<html>
...
<div><?php echo $mensaje; ?></div>
...
</html>
espero te ayude, suerte!