1. Debes tener un div donde colocar el include (si es un menu lateral)
2. Te recomiento que lo coloques en el directorio raiz
Solo seria poner esto
Código PHP:
<?php
include ("header.php"); // las cabeceras
?>
<div id="menu">
<?php
include ("menu.php"); // el menu, si es lateral, en caso contrario quita el div
?>
</div>
<?php
// Aqui tu contenido
?>
<?php
include ("footer.php"); //El pie de pagina
?>