PROBLEMAS con pie de pagina

[dibuga]

este es el caso en que pone el pie de pag despues de la cabecera:
----cabecera------
---contenido-----

<div id="LinkDoc">
<ul>
<li > <a href="http://www.eees.es/documentacion.php ">Espacio Europeo de la Educaci&oacute;n Superior</a></li>
<li ><a href="http://es.wikipedia.org/wiki/Espacio_Europeo_de_Educaci%C3%B3n_Superior">WIKIPE DIA: Espacio Europeo de la Educaci&oacute;n Superior</a></li>

<li class="doc"><a href="documentos/ModeloEducativoUAH.pdf">Modelo Educativo UAH</a></li>

<li class="doc">
<a href="documentos/ProcedimientoElabGrados.pdf">Procedimiento General para la Elaboración de los Planes de Estudios de Grados</a></li>

</ul>

</div>

----pie de pagina--------------

<div id="footer">
<ul>
<li><a href="inicio.htm">Home</a>|</li>
<li><a href="equipo.htm">Equipo</a>|</li>
<li><a href="programa.htm">Programa</a>|</li>
<li><a href="alumnos.htm">Alumnos</a>|</li>
<li><a href="propuestas.htm">Propuestas</a>|</li>

</ul>
</div>

----------------codigo CSS----------------------------------
SEGÚN ESTÁ FUNCIONA, PERO SI CAMBIO HEIGHT POR AUTO, QUE ES LO QUE ME INTERESA...ZAS¡¡¡ PA ARRIBA SE VA

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GRACIAS POR LA AYUDA

¿Alguna pista de pq me puede pasar lo del primer problema que os cuento?