Tal vez podrías probar utilizando la regla actual que tienes pero solo aplicada a los archivos que terminen en .php mediante filematch, por ejemplo:
Código:
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RewriteEngine on
<FilesMatch "\.php$">
RewriteRule ^productos/([A-Za-z0-9-]+)/([-A-Za-z0-9]+)/([-A-Za-z0-9]+)?$ index.php?categoria=$1&codigo=$2&producto=$3 [L]
</FilesMatch>