Claro pues, el problema es que no podés escribir javascript CON javascript
Pensé que tenías ese código en un archivo externo, y por lo tanto incluido mediante el atributo src de la etiqueta script.
De todas formas, te recomiendo poner el código HTML (y JS de ser necesario) de la nueva ventana en un archivo, te ahorrarás muchos problemas. ¿hay algún motivo en especial por el que lo escribas de esa forma?