Ya veo. Pues la verdad es que no he mirado mucho tu "sorter" pero me imagino que puedes hacer dos cosas:
1. Poner la llamada esa de new table.sorter y sorter.init dentro del $(document).ready() después de haberle añadido el id a la tabla.
2. Si el nombre de "table.sorter" se refiere a que sirve para ordenar tablas, existee algún plugin de JQuery para hacer eso mismo.
Este
http://docs.jquery.com/Plugins/Tablesorter o
http://tablesorter.com/docs/ es sencillo.