Operaciones con poco tiempo de ejecucion en php

[DarkJ]

¿Donde esta tu cuello de botella? ¿En sacar la lista de 12 caracteres o en las llamadas a la base de datos? Para disminuir el numero de las llamadas a base de datos puedes usar el IN en el where, ya que asignas el mismo valor:

update tabla set dato1 = 1 where dato2 IN (valor1, valor2, valor3, ....);

Puedes dividir la operacion en bloques mas pequeños, de 30 en 30, por ejemplo.