Si lo estas haciendo bien?. te voy a explicar.
Código PHP:
$file="ruta/a/tu/archivo"; //esta es la ruta donde se encuentra tu archivo
$cnt=file_get_contents($file); //aqui lo que se hace es obtener los datos del archivo
$f=fopen($file,"w"); //aqui leemos el archivo.
fwrite($f,"nuevo contenido\n".$cnt); // aqui donde dice "nuevo contenido" pones la variable o el contenido que va ir en la parte de arriba del archivo y en la variable $cnt esta lo que leimos del archivo.
fclose($f);
Revisalo y me cuentas.