Ayuda con ajax y los div...urgente?????

[hcurbelo]

El problema es el siguiente:
Tengo un codigo ajax que dado un Div en un pagina principal me muestras el resto de las paginas del sitio dentro del Div, el problema esta en ,lo siguiente cuando cargo las paginas en el Div si estas tienen algun codigo java o php que por ejemplo crea un pup no me sale a traves de l Div, otro ejemplo es que el codigo java para anular botones tampoco funciona, si abro esta pagina sola, es dicir no la cargo a traves del Div todo funciona correctamente. Les agradeceria si alguien puede ayudarme le dejo el codigo Ajax:

function NuevoAjax(){
var xmlhttp=false;
try{
xmlhttp = new ActiveXObject("Msxml2.XMLHTTP");
}catch(e){
try{
xmlhttp = new ActiveXObject("Microsoft.XMLHTTP");
}catch(E){
xmlhttp = false;
}
}

if(!xmlhttp && typeof XMLHttpRequest!='undefined'){
xmlhttp = new XMLHttpRequest();
}
return xmlhttp;
}

function Cargar(url){
var contenido, preloader;
contenido = document.getElementById('contenido');
preloader = document.getElementById('preloader');
//creamos el objeto XMLHttpRequest
ajax=NuevoAjax();
//peticionamos los datos, le damos la url enviada desde el link
ajax.open("GET", url,true);
ajax.onreadystatechange=function(){
if(ajax.readyState==1){
// preloader.innerHTML = "Cargando...";
//modificamos el estilo de la div, mostrando una imagen de fondo
//preloader.style.background = "url('../PICTURE/loading.gif') no-repeat";
}else if(ajax.readyState==4){
if(ajax.status==200){
//mostramos los datos dentro de la div
contenido.innerHTML = ajax.responseText;
// preloader.innerHTML = "Cargado.";
// preloader.style.background = "url('../PICTURE/loading.gif') no-repeat";
}else if(ajax.status==404){
preloader.innerHTML = "La página no existe";
}else{
//mostramos el posible error
preloader.innerHTML = "Error:".ajax.status;
}
}
}
ajax.send(null);

}