No se a que te refieras exactamente con el término "licenciar" (¿vender licencias de uso?)
Supongo sabes que si programaste sin DLL's a quien se la vendas (si es que no vendes solo accesos a una aplicación tipo ASP
(Application Service Provider) le tendrías que dar tus fuentes y todo.
Pero bueno, en respuesta concreta a tu pregunta específica: no, no tienes que pagar licencias de eso (cuándo pagaste el Windows se incluyó el intérprete y el servidor web)