Sí, de acuerdo. Eso no es problema. ¿Tienes el alto exacto de la tabla (que luego será un contenedor
?.
Si es así es sencillo: le pones posición relativa, le das un desplazamiento superior del 50% y luego un margen superior negativo de la mitad de su tamaño. Te pongo un ejemplo:
#contenedor {height: 500px;
position: relative;
top: 50%;
margin-top: -250px;
}
Con esto se deberá centrar verticalmente en cualqueir resolución.