podrias usar DOM en vez de innerHTML yo la validacion la hice con jquery y queda algo así
Código PHP:
///////////////////////////////////////////
celda = fila.insertCell(6);
var latitud = document.createElement('input') // latitud
latitud.type = 'text';
for (i=0;i<nuevo_indice;i++) {
latitud.name = 'latitud[]'+i;
latitud.id = 'latitud[]'+i;
}
celda.appendChild(latitud);
///////////////////////////////////////////
como vez va cambiando el id y el name para después haga el trabajo jquery
Salu2