Sea lo que sea que quieras hacer con dos ficheros, desde mi punto de vista lo que está mal es que los estés comparando en un solo while, al principio de tu código.
Dado que no sabes si los dos ficheros son iguales, lo que deberías es hacer dos while, uno que recorra el primer fichero y vaya comparando dentro, línea por línea del segundo, o viceversa. Si los dos ficheros son distintos, nunca se cumplirá la condición del while de manera que ambos ficheros puedan ser recorridos completamente.
Y GreeEyed: te encuentro toda la razón.
