Puede ser con funciones de cadenas
Código PHP:
<?php
$n1=0001;
$n2=0001;
$longitudActual=strlen($n1);//uno de los dos
//$n1=substr($n1,3);
//$n2=substr($n1,3);
$sumar=$n1+$n2;
$longitudFinal=strlen($sumar);
$cantidadCeros=$longitudActual-$longitudFinal;
$suma=str_repeat("0",$cantidadCeros).$sumar;
?>
