Primero que nada hacé un sitio que valide tanto con HTML como con CSS (esto creo que ya lo lograste, pero es el punto más importante y mucha gente lo olvida).
Luego preocupate de los errores de cada navegador. En particular, para agregar cosas que solamente IE entienda, nada mejor que usar los
comentarios condicionales.
De esta forma un cambio específico para el IE no afecta a los demás.
Saludos.