eleccion cotejamiento de datos en phpmyadmin

[jurena]

Hay que distinguir entre charset, el conjunto de caracteres, también llamado codificación, y el cotejamiento o collation. Puedes elegir el charset que desees, latin1 o el universal utf-8, pero también algún otro. Creo que el futuro es utf-8, aunque todavía quedan algunos coletazos, pero pronto si no lo es ya será la codificación por defecto de bases de datos y programas. Pero hay partidarios de una y de otra. Al parecer los servidores siguen más vinculados a latin1, pero creo que será por poco tiempo.
En cualquier caso, una vez has decidido el charset, puedes elegir una collation o cotejamiento específico para tus tablas y campos. Con ello podrás comparar los datos en las búsquedas y ordenar de distinta manera. Piensa que un charset como utf-8 sirve para casi todas las lenguas, pero no todas las lenguas tienen las mismas reglas de ordenación alfabética (piensa por ej. en las que se escriben de derecha a izquierda), y además la collation también interviene en la comparación de datos. Si vas a usar el español en un campo y ordenar en español y buscar en español, para ese campo deberías usar un cotejamiento utf8_spanish_ci que sirve para hacer búsquedas sin distinguir mayúsculas de minúsculas (case insensitive, fíjate en el final ci); también ordena la ñ en su sitio, etc. Si eliges utf8_bin te encontrará exactamente lo que buscas, en mayúsculas o minúsculas. En el cotejamiento hay muchas más cosas:
Echa un vistazo en la wikipedia a Charset y Collation para que veas las diferencias.
Lo que creo que ocurre en PHPMyAdmin es que te pide que selecciones la collation para la base, y al hacerlo ya estás seleccionando el charset, que está a un nivel superior.