Hola, yo tengo exactamente el mismo problema que tu.. con la misma estructura, ya he intentado mil cosas y nada que funciona.. de verdad no se cual puede ser el error.
Llamo a mi "carnet.php" desde un <img src="carnet.php">
y en carnet.php solo hay funciones de GD,
el archivo termina asi
header('Content-Type: image/jpeg');
imagejpeg($im);
imagedestroy($im);
he probado y prbado y nada que sale la imagen.
Por favor si me pueden ayudar con esto.. muchas GRacias.