Es que con echo no estás guardando un archivo, estás enviando una salida HTML, y el navegador no va a reconocer el carácter de salto de línea (\n) como un salto de línea, el navegador salta a la línea siguiente con un <br />. Si quieres guardar un archivo, no uses echo, puedes usar, por ejemplo, fopen() (
http://www.php.net/manual/es/function.fopen.php) para abrir el archivo en el modo escritura, y escribe en él usando fwrite().