Sí, tampoco me funcionó ese código, pero sí este, con innerHTML:
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>test</title>
</head>
<body>
<div id="FlashFarm" style="width:960px;height:560px"></div>
<script>
var cad='<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=7,0,19,0" width="960" height="560"> <param name="movie" value="stilo.swf" /> <param name="quality" value="high" /> <embed src="stilo.swf" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="960" height="560"></embed></object>';
document.getElementById('FlashFarm').innerHTML=cad;
</script>
</body>
</html>
Notá que eliminé los saltos de línea en la cadena cad (y ojo que lo probé con un swf real, cambialo por el tuyo)