Ireport en la version 3.0.0 existe un componente que te permite poner los codigos de barra en tus reportes solo lo arrastras a tu reporte y ya esta, en las propiedades del componente especificas que quieres code39. O si quieres hacerlo desde java existe una libreria que se llama Barbecue
http://barbecue.sourceforge.net/ .
salu2