Depende mucho del software que uses para gestionar el POP3, como te comento no es problema de PHP, ya que necesitas que el programa acepte comandos por ejemplo:
Código:
programa.exe -add-pop -account=jhon -pass=pass
Ya que sepas como agregarlo por linea de comandos entonces simplemente creas el comando en PHP y lo pasas usando exec().
Saludos
