Si lo he entendido bien, tu problema está en que tienes el array en PHP y quieres que lo lea JavaScript, es así?
Si es así, el "problema" reside en que PHP es un lenguaje ejecutado en el servidor y JavaScript está ejecutado en el cliente. Pero tiene solución. Lo que tienes que hacer, es que con PHP, escribir código JavaScript para que genere el array, por ejemplo:
Código:
//Array de 2D
echo '<script>';
echo 'var array = new Array();';
for( i = 0; i < N1; i++ ) {
for( j = 0; j < N2; j++ ) {
echo 'array[ '.$i.' ][ '.$j.' ] = '.$array[ $i ][ $j ].';';
}
}
echo '</script>';
De este modo, duplicas el array de PHP en JavaScript y ahora si puedes leerlo desde JavaScript.
Saludos