Máximo de registros continuos en una BD

[gnzsoloyo]

Te vas a encontrar necesariamente con problemas gordos, aunque se trate de una intranet.
Estás tratando de cargar datos masivos. Eso requiere de bastante cuidado y algo de conocimiento de redes.
El proceso PHP no se detiene porque no responda el server porque estás hablando de cosas distintas. La transacción hacia la base de datos y la conexión creada en web es una cosa distinta del proceso de creación y buffereo de las sentencias. Estas se están encolando, pero no salen. Eventualmente colapsará el buffer, pero eso llevará más tiempo.
Lo que te conviene es buscar otras técnicas, como por ejemplo, inserciones múltiples, o exportar la base ya cargada, o bien hacer un LOAD DATA local en el servidor de web.