dentro del mismo select no puedes nombrar el alias, no te lo reconocerá.
Sin embargo algo de este estilo si te funcionara:
Código:
select energiaSalida, energiaEntrada, (energiaSalida - energiaEntrada) as energiaMedida
from (
select (eFinal - eInicial) as energiaSalida, (e1Final-e1Inicial) as energiaEntrada
from ....
where ...
) foo
Salu2