El innerHTML es mucho mas lento que que un rango de texto. Hasta hoy está con innerHTML pero en documentos pesados (3megas) se cuelga el navegador. El problema es que si quieres usar innerHTML tienes que hacer uso de una expresion regular para sustituir HOLA por <span> HOLA </span> y la expresion regular deja tostado el explorer.
PD: La expresion regular es necesaria pq si el usuario quiere resaltar todas las "a" hay que asegurarse que el replace no sustiye las "a" que forman parte de los tag HTML, es decir, <a href="...">