Utiliza bigdump:
http://www.ozerov.de/bigdump.php
Tienes que ponerlo junto al backup descomprimido de la base de datos y llamarle desde un navegador. Antes configúralo, necesita lo típico: nombre de la base de datos, usuario y password. Es muy fácil de configurar.
Tiene una opción para indicarle cuántas líneas del backup debe procesar en cada pasada, así evitas esos timeouts al recuperar bases de datos grandes.