Por mi parte mas o menos:
Código:
/img_src (fuentes de gráficos)
/sql (procedimientos almacenados, script de creacion de bds)
/www
/auto (crones que se lanzaran en el server)
/controller (controlador, arquitectura MVC)
/css
/img
/layout (plantillas Smarty)
/libjs (librerias js comunes como jquery, librerias propias de utilidades)
/libjs_data (archivos js por cada diálogo del website)
/libphp (librerias comunes como jpgraph, propias, smarty)
/libphp_data (objetos de negocio)
/dialogo/
/dialogo_X (proceso del dialogo X)
index.php
/www_data (configuracion del website)