Vaya que hay muchas maneras de organizar nuestros sitios.. en particular mi organizacion creo que es facil de entender y espero que te sirva..
Código:
+ js // scripts y librerias de javascript
- script.js
+ images // imagenes en general
- blank.gif
+ includes // archivos de php u otro lenguaje
- config.php // configuraciones generales
- funciones.php // aqui se escriben funciones solamente
- demo.class.php
+ css // archivos de estilos
- style.css // archivo de estilos
- index.html // pagina principal
- pagina1.html // pagina secundaria
- pagina2.html // pagina secundaria
La estructura se puede volver mas compleja segun las caracteristicas del sitio que deseas desarrollar.. pero basicamente esta es una buena organizacion.. para hacer que tu menu este en todas las paginas y solamente tener que modificar un archivo.. puedes crear una funcion y guardarla en funciones.php y luego llamarla desde las paginas donde la quieras utilizar..