Organización sitio Web y trucos

[Silko]

Hola a todos los usuarios de forosdelweb.

Mi pregunta va destinada a como conseguir una buena organización y reutilización de código de un sitio.

Para explicarme llanamente son las carpetas y archivos que siempre tenéis en común en todos los sitios Web que creáis. Por poner un ejemplo; una carpeta "include" donde meter los mismos, otra carpeta para "javascript", css.....
Así como qué soléis meter como plantilla, en los sitios (separar , encabezado, pie contenido, menús laterales en archivos php independientes). Creación de páginas, para que posteriores cambios sean más fáciles de llevar (pagina que controla los directorios de tu Web (para no tener que modificar enlaces en las distintas Web y hacerlo desde una……)).

Y así una infinidad de cosas y truquillos que estarían bien saber.

Muchas gracias por vuestra atención.

Si podéis poner pequeños ejemplos para una mayor comprensión, mejor.