ordenar objetos dentro de DIV cargado con ajax.

[aleprrr]

buenos dias, le encontraron la vuelta para ejecutar scripts dentro del php que llaman con ajax, mi problema es mas complicado aun , no puedo incluir el javascript en el archivo superior , ni puedo incluirlo como .js porque en la funcion que tengo genero los case de un switch con php, o sea que mi funcion javascript se genera en el momento de la carga.
con prototype probe , pero no me funciona , se deben escribir de alguna forma en particular las funciones ?
gracias