ECMAScript es una norma en la que se basa Javascript. Eso actualmente, al principio fue el lenguaje Javascript el que se llevó ante la ECMA para su normalización.
Lamentablemente incompatibilidades vas a encontrar en cualquier proyecto más o menos grande, ya que las diferencias son importantes en cuanto empezás a trabajar con ciertas propiedades (obtener valores de atributos CSS, por ejemplo).
De todas formas, para evitar la mayor parte de las incompatibilidades y trabajar con las "mejores prácticas" de Javascript, te recomiendo los videos del
YUI Theater y el libro de Douglas Crockford "Javascript
: The Good Parts".
Y por supuesto, en cuanto tengas algún problema específico no dudes en preguntar.
Saludos.