Con el ORDER BY, que debe siempre colocarse como última cláusula. En ese caso sí puede hacerse un ordenamiento por el COUNT(), sea en forma ascendente o descendente.
Para que no te genere problemas es mejor que al resultado del COUNT() le pongas un alias y pidas que se ordene por ese alias.
Por caso:
Código sql:
Ver originalSELECT a, b, c, COUNT(f) d
FROM Tabla1
GROUP BY a, b
ORDER BY d;